Molekylære teknikker indgår også i traditionel planteforædling

Moderne planteforædling bygger på viden om planters genetik og reproduktion. Ikke blot genmodifikation, men også den såkaldt traditionelle forædling benytter sig i vid udstrækning af molekylærbiologiske teknikker - dog ikke med henblik på at genmodificere. "Marker Assisted Selection" (MAS) er, som navnet antyder, en teknik til at udvælge, det vil sige til at afgøre, om et bestemt gen, protein eller træk er til stede i en bestemt plante. Det ønsker man eksempelvis at afgøre, efter at man har krydset en vild plante, der har et attraktivt træk, med en højtydende afgrøde, hvori man ønsker dette træk. Med mindre genet koder for et meget synligt træk (såsom farve), kan det være et større detektivarbejde at finde de planter, der har den rette kombination af gener/træk fra forældreplanterne. I MAS udnytter man, at der findes genetiske sekvenser, som er lette at identificere, og som med meget stor sandsynlighed "følges med" de bestemte gener/træk, man ønsker at følge (fordi de på kromosomet ligger tæt på de pågældende gener, og derfor sjældent adskilles fra disse gener pga. overkrydsning ved meiose). Disse let genkendelige træk/gener kalder man for "markører" (eng. "markers").

Den mest anvendte teknik, hvor man bruger DNA-markører til af identificere planter med ønskede egenskaber, kaldes "SSR". Det står for "simple sequence repeats", som også kaldes "mikrosatelitter". Mikrosatelitter er DNA-sekvenser, der ikke koder for proteiner, og som består af en stribe basepar-gentagelser, såsom gentagelser af baseparret "CA" (før i tiden kaldte man den ikke-kodende del af arvemassen - som udgør langt størstedelen - for "junk-DNA"). Sådanne basepar-gentagelser er hyppige og ligger spredt over plante-genomet, og derfor kan man ofte finde en sådan sekvens, der ligger tæt ved den egenskab, man interesserer sig for. Det der gør mikrosatelitter egnede som markører er, at den specifikke sekvens er forskellig fra den ene mikrosatellit til den anden; for eksempel vil antallet af gentagelser ofte variere. Dermed fungerer hver unik mikrosatellit som et fingeraftryk for det gen, den følges med.Når man krydser to planter med hver deres interessante (fx kommercielt vigtige) gener - såsom en afgrøde og en vild slægtning - er spørgsmålet, om man har været så heldig, at flertallet af de vigtige gener fra hver af forældrene er fulgt med til afkommet. Kan man afgøre, om en bestemt mikrosatellit er til stede i en plante, har man også med stor sandsynlighed afgjort, at det vigtige gen mikrosatelitten følges med, er til stede.

Man identificerer disse mikrosatelitter ved at bruge PCR-teknikken. Princippet i PCR er, at man kan opformerer specifikke DNA-sekvenser så meget, at de bliver synlige. Hvilke DNA-regioner, der opformeres afhænger af, hvor de primere, man tilsætter, binder sig. Det skyldes, at primeren virker som et slags start/stop-element for DNA-polymerasen. Der er derfor udviklet primers, der kan igangsætte opformering af specifikke mikrosatelitter tæt på de interessante gener. Efter PCR-reaktionerne køres en elektroforese af reaktionsproduktet, hvilket adskiller DNAet efter DNA-strengenes størrelse. Princippet i elektroforesen er, at DNA-stykkerne (dvs. kopier af forskellige mikrosatelitter) sprøjtes ned i en gel, dvs. en geléplade. Gelen består af lange kulhydratpolymerer der binder vand. Når der ledes strøm igennem gelen bliver de negativt ladede DNA-strenge trukket mod plus-polen, men jo større de er, jo mere bremses de af kulhydratkæderne. Som resultat kan de mikrosatelitter, der findes i et bestemt afkom, ses som DNA-bånd. Bestemte bånds tilstedeværelse afslører altså, hvilke af de vigtige træk, der findes i afkommet efter en krydsning. Fordelingen af markører kan så bruges til at finde frem til det afkom, der i højest grad har den kombination af gener, man ønsker.